מכיוון שהאטיולוגיה והפתופיזיולוגיה של תסמונת רצפת האגן אינן מובנות במלואן, עדיין קיימים חסרונות רבים בשיטות הטיפול במצב זה.
טיפול בעצירות חסימתית
חלק מהחולים דורשים שימוש בחומרים משלשלים. עבור מטופלים שאינם מגיבים לתזונה עשירה ב-סיבים, יש למדוד מחדש את זמן מעבר המעי הגס בצריכת סיבים נאותה כדי לקבוע אם דיאטה עשירה בסיבים - מתאימה. למטופלים עם עוויתות פי הטבעת ניתן להשתמש בהזרקת בוטולינום טוקסין, אשר להן השפעה טיפולית טובה על עוויתות אנאליות, ולטיפול זה יש מעט תופעות לוואי וסיבוכים; עד כה לא נמצאו סיבוכים המסכנים את חיי החולה.
טיפול בצניחת פי הטבעת
קיימות מספר שיטות לטיפול בצניחת פי הטבעת. בקולונוסקופיה ישירה, ניתן להזריק- זריקות מפחיתות טחורים כגון אלו לטיפול בטחורים לרירית פי הטבעת הגבוהה. זה גורם לדלקת אספטית ופיברוזיס בין רירית פי הטבעת ושכבת השריר, או בין פי הטבעת הגבוהה לרקמות שמסביב, מה שמוביל להידבקות וקיבוע של פי הטבעת לרקמות שמסביב.
בנוסף, צניחת פי הטבעת היא אחת האינדיקציות לניתוח. נכון להיום, הליכים כירורגיים לצניחת פי הטבעת כוללים: קיבוע צלקת פי הטבעת, כריתת מעי, קיפול סוגר, השעיה וקיבוע פי הטבעת וצלצול אנאלי.
טיפול בבריחת שתן בצואה
אם מתרחשת בריחת שתן בצואה עקב פגיעה בסוגר פי הטבעת החיצוני במהלך הלידה או טראומה של פי הטבעת/תעלת פי הטבעת, לרוב יש יעילות טובה לניתוחי סוגר ושחזור פרינאום. עבור בריחת צואה נוירוגני הנגרמת על ידי דיספלזיה מולדת בעמוד השדרה, ניתן לבצע העברת שרירי iliopsoas דו-צדדית לחיזוק והחלפת שרירי רצפת האגן. לאחר הניתוח, בשילוב עם תיאום שרירי רצפת האגן ואימוני השרירים סמוכים, אימוני השראת רפלקס פי הטבעת ואימוני שיקום רפלקס הצרכים, לרוב מושגות תוצאות טובות.

